（一）对建筑企业税负产生的影响
在建筑企业营业税改征增值税后，最先涉及到的是进项税额的抵扣问题。举例说明：
以建筑施工企业为例，假设其工程毛利率10%，工程结算成本中，原材料约占55%（建筑材料成本中水泥约占45%，钢铁约占40%，其他材料约占15%），人工成本约占30%，机械使用费5%，其他费用占比不超过10%，假设其全年完成营业收入为11100万元，营业成本9990万元（营业收入和成本均含增值税）。
营改增前，应缴纳营业税为333万元（11100×3%）。
营改增后，人工成本不能抵扣进项税额，因此能够抵扣进项税额为870万元[9990×（55%+5%）÷（1+17%）×17%]销项税额为1100万元[11100÷（1+11%）×11%]，应缴纳增值税为230万元（1100-870），建筑施工企业的税负有所下降。
以上是理论上的算法，但实际上建筑施工企业的特征会给增值税的计算带来很多挑战，如，建筑材料来源方式较多，增值税进项税额抵扣难度大，由于发票管理难度大，很多材料进项税额无法正常抵扣，使建筑业实际税负加大。根据《财政部、国家税务总局关于部分货物适用增值税低税率和简易办法征收增值税政策的通知》（财税〔2009〕9号）规定，一般纳税人销售自产的下列货物，可选择按照简易办法依照3%征收率（注：根据2014年6月13日《财政部国家税务总局关于简并增值税征收率政策的通知》（财税[2014]57号），自2014年7月1日起执行3%征收率，原征收率6%不再适用）计算缴纳增值税：①建筑用和生产建筑材料所用的砂、土、石料；②以自己采掘的砂、土、石料或其他矿物连续生产的砖、瓦、石灰（不含黏土实心砖、瓦）；③自来水；④商品混凝土（仅限于以水泥为原料生产的水泥混凝土）。以上所列货物，都是工程项目的主要材料，在工程造价中所占比重较大。假设施工企业购入以上材料都能取得正规增值税发票，可抵扣的进项税率为3%，而建筑业增值税销项税率为11%，施工企业购入的以上材料必将增加8%的纳税成本，从而加大建筑业实际税负，挤占利润空间。
由于企业购进的机械设备可以抵扣增值税进项税额，有利于企业提高机械设备装备水平，建筑施工企业通过引进新的机械设备，减少作业人员的人工费用，为企业更新设备，扩大运营规模提供了有力条件，同时机械作业水平的提高能够减少施工重大事故的发生，促进安全生产，保证作业人员生命安全。
（二）对造价管理及核算的影响
一是建设单位招标概预算编制将发生重大变化，相应的设计概算和施工图预算编制也应按新标准执行，对外发布的公开招标书内容也要有相应的调整。
二是这种变化使建筑企业投标工作变得复杂化。如，投标书的编制中有关原材料、燃料等直接成本不包含增值税进项税额，实际施工中，编制标书中很难准确预测有多少成本费用能够取得增值税进项税额。
三是由于要执行新的定额标准，企业施工预算需要重新进行修改，企业的内部定额也要重新进行编制。
（三）对经营形式的影响
营业税改增值税有利于遏制非法转包、分包现象。有些企业在承包工程后将全部工程转包他人，这是建筑法所明确禁止的，在工程全部转包的情况下，作为第一承包人的建筑企业（从发包方承接工程的单位）应按从发包方取得的全部工程结算收入和价外费用计算确定销售额和销项税额，从第二承包人（从第一承包人处承接工程的单位）取得增值税专用发票作为其进项税额，从其账务处理中能够发现没有可供抵扣的外购材料，从而很容易判断出工程全部转包的交易实质。建筑法第二十九条规定”禁止总承包单位将工程分包给不具备相应资质条件的单位”，如果分包单位是小规模纳税人或包工头，抵扣进项税额将大幅降低，企业税负将上升，利润也随之减少。一旦税务机关确认为非法转包或非法分包，就会禁止第一承包人抵扣进项税额，此时第一承包人的税负将大大增加，利润将大大缩水，对于利润空间本来不大的建筑施工企业经营成果产生较大冲击，这将对非法转包行为起到一定遏制作用。
另外一种常见形式是挂靠，目前许多挂靠单位购买材料不要发票，材料采购价格较低。税改后若不开具增值税专用发票，被挂靠单位就不能获得抵扣收益，税负就会提高，如果开具增值税专用发票，必须有真实的交易，材料供应商往往会趁机加价，挂靠单位利润将大幅减少，这将严重打击挂靠行为。
对于联营项目，由于营业税与成本费用基本没有关系，以工程总造价为计税依据计征营业税，不存在税款抵扣问题，联营合作方往往没有健全的会计核算体系，没有索取发票的意识。实行增值税后，增值税与工程造价、成本费用密不可分。如果联营合作项目在采购、租赁、分包等环节不能取得足够多的增值税专用发票，那么增值税进项税额就很小，可抵扣的税款较少，缴纳的税款较多，税负甚至超过项目的利润率，总包方和联营合作方都将无利可取，涉税风险会威胁到联营合作项目管理模式的生存和发展。
（四）对企业管理的影响
施工企业施工项目分散在全国各地，材料采购的地域也相应分散，材料管理部门多而杂，每笔采购业务都要按照现有增值税发票管理模式开具增值税发票，且数量巨大，发票的收集、审核、整理等工作难度大、时间长。按现行制度规定，进项税额要在180天内认证完毕，其工作难度非常大。现实中的税务问题并不如理论分析的简单，如拿到对方开来的发票，应注意是否为专用发票，发票上的时间，发票章是否正确等。这些无疑对施工企业财务人员，乃至经营部门工作人员等提出了更高的要求。另外，营业税与增值税的纳税地点不同，建筑施工企业由于其经营特点，纳税地点也会产生较大变化。
（五）对财务会计的影响
由于建筑施工企业购置的原材料、辅助材料等存货成本和机械设备等固定资产需要按取得的增值税发票扣除进项税额，这样，企业的资产总额将比没有营改增前有一定幅度下降，引起资产负债率上升。
对于企业的财务报表，营改增之前，主营业务收入是含有营业税的，属于含税收入额，营改增之后，主营业务收入不包含增值税，属于税后收入额，由于两种不同的计算方法，企业的利润率数值也不同，假定企业在实行营业税与增值税的营业收入与实际税负相等，营改增后会出现企业营业收入减少而利润率升高的现象。
对企业现金流量的影响。由于建筑施工企业普遍实行的是代扣代缴营业税方式，建设单位验工计价时，采取从验工计价和付款中直接代扣营业税，营改增后，建设单位将不能直接代扣代缴增值税，而直接由建筑施工企业在当期向税务机关缴纳增值税，但此时建设单位验工计价并不立即支付工程款给建筑施工企业，也即缴纳增值税在前，收取工程款在后，有时滞后时间比较长，这将导致企业的经营性活动现金净流量增加，加大企业资金紧张程度。